工部司，掌城池之工役程式，为尚书、侍郎之助手。

屯田司，掌天下屯田及在京文武官员之职田、诸司官署公田的配给。

虞部司，掌苑囿、山泽草木以及百官蕃客菜蔬薪炭的供给和畋猎之事。

水部司，管理河流过渡、船舻、沟渠桥梁、堤堰、沟洫的修缮沟通，以及渔捕、漕运诸事。

铸造司，掌铸造兵器、研制新式武器机构等。

其中一些部门叶桓没有按照这个古代的行政制度习惯来设立，像是户部里面应该有一个户部司的，被他改成了民政局，还有就是户部里面新设立了一个中央银行，加强对货币的管理。

除了内阁六部外，大汉王国中枢还有五监九寺，五监包括由原来的辽州书院变国子监、少府监、匠作监、军器监和都水监，九寺有太常寺、光禄寺、卫尉寺、宗正寺、太仆寺、大理寺、司农寺、太府寺和鸿胪寺组成。

叶桓把监督司取消，改为都察院，设六科给事中，成立六部的独立监察机构。地方先设四道巡按御史和各州提刑按察司，同时设督抚，形成地方三重临察网络。

还有比较独立的部门，像是直接受叶桓这个大王管理的军情司和青衣卫这两个情报组织，他们的职能不变，不过在行政等级上低六部一级，当然，六部一品尚书也不能插手这两个特殊部门。

内务部，管理已经把大秦改名为大汉的商会，还有王府的一切产业，相当于是叶桓这个大王的私人财产，或者说是王室的独立财产，管辖王府的一切开支和采购。

其实一开始叶桓不想设立这么多的部门，毕竟他现在只是占领北方三州之地加上一块面积还可以的草原之地，人口三千多万，不过他最后想一想还是按照帝国的标准来建立行政制度，至于一些机构部门可以精简一下人员就可以，不至于造成机构和人员的臃肿。