战三人，只好在初代及二代肢体上留下引爆符，直接被大蛇丸踢飞。大蛇丸一度走近被打到城楼面上的三代目，称对其表示失望，三代目亦一度因为想起童年的大蛇丸而流泪起来。但不久日斩重拾战意，以敏捷的身手攻击大蛇丸，猿魔亦从如意棒中把手伸出、企图勒死大蛇丸。大蛇丸及时化为泥泞躲避猿魔的攻击，并向日斩展示自己脸皮底下的第二真面目就是利用“不死转生”、而成功侵占的年轻女忍者面孔。大蛇丸表示这只是他第二次转生的容器，而下一个目标就是拥有写轮眼的宇智波佐助。日斩引爆初代及二代目身上的引爆符，以顺利阻止两者的攻击，然而他们“秽土转生”的可立即修补过来。修复身躯后的两名火影，即对爱徒继续攻击。初代使用木遁术欲再抓击日斩，但幸亏猿魔化成“金钢牢壁”及时保护他。初代亦使用“幻术·黑暗行之术”动画为二代使用，将日斩封锁在黑暗环境当中，并对日斩展开攻击。

由于此时的日斩年迈体衰，实力已不如全盛时期，因此，日斩只好使用禁术尸鬼封尽，随后，日斩使用两个影分身将初代火影和二代火影封印，由自己的本体封印大蛇丸，但由于在封印过程中，日斩不幸被大蛇丸操纵草锥剑从背后插入，迫使日斩无力将大蛇丸的灵魂抽出，因此日斩决定利用死神将大蛇丸双手废掉，使大蛇丸永远不能结印以使用忍术。日斩对大蛇丸痛斥道“你沉溺于忍术，为忍术而自傲，这样的惩罚才最适合你，我要夺走你所有的术。”

因为日斩深信木叶“火之意志”一定会继承下去，所以在倒下时仍带着微笑、及再次看到童年的大蛇丸，接着便一睡不起。他的通灵兽猿魔因为失去召唤者亦瞬间消失了，大蛇丸也因失去战斗力、在音忍四人众保护下撤退。砂忍后来才知道真正的风影已被大蛇丸暗杀，就跟木叶重订和约。大蛇丸这场“木叶崩溃计划”，最终以失败告终。

大蛇丸为了治疗双手，他和部下兜主动去短册街找三忍的医疗圣手纲手请求诊治。由于纲手态度强硬，大蛇丸以替纲手死去的弟弟和情人复活（即秽土转生禁术）作交易条件，并以七日为限期。七日后双方再次交涉，但纲手拒绝了大蛇丸的提议，大蛇丸和兜见状露出了杀心。同时自来也和鸣人也赶到了现场。

最初大蛇丸利用纲手怕血这一弱点稳占上风，但随后纲手就被鸣人激励摆脱了对血的恐惧，使用了创造再生，三忍展开大战。

鸣人先于三忍大战对兜使用了刚学会的忍术螺旋丸并成功重创了兜，但自己也因体力不支而昏倒。此时大蛇丸和自来也正打得十分激烈，大蛇丸本想趁此机会解决掉鸣人，结果剑被纲手挡住，大蛇丸没能得逞。之后大蛇丸以及万蛇均被击败，大蛇丸和兜撤退。

这之后，大蛇丸因受不了原来女人身体双手被封印所带来的痛苦，故加紧派音忍四人众前往劝说佐助投靠音隐村。佐助到来前，大蛇丸不得不抛弃已无法使用双手的美丽女人身体（因转生对灵魂有损伤，所以在容器还能用时，不会轻易转生。） 临时以忍者幻幽丸的身体进行灵魂转生。尽管后来音忍四人众及拥有血继限界的君麻吕彻底死亡，但成功让佐助来到音隐村，并积极对其进行培训，企图用佐助作为下一个容器。